Tổng giám đốc được Đại hội đồng bầu cho một nhiệm kỳ 4 năm (trước đây nhiệm kỳ Tổng Giám đốc là 6 năm). Dưới quyền của Tổng Giám đốc Ban Thư ký có nghĩa vụ hiện thựchoá các chương trình đã được Đại hội đồng thông qua. Tổng Giám đốc đầu tiên của UNESCO là Ngài Julian Huxley, người Anh, lãnh đạo UNESCO từ 1946-1948. Tổng Giám đốc hiện tại của UNESCO được bầu vào năm 1999, là Ngài Koichiro Matsuura, là người Nhật Bản.
Trong lịch sử 60 năm, từ 1946 đến 2006 UNESCO đã bầu ra 10 Tổng Giám đốc, gồm:
- Julian Huxley (1887-1975) Vương Quốc Anh, TGĐ UNESCO giai đoạn 1946 - 1948
|
 |
- Jaime Torres Bodet (1902-1974) Mexico, TGĐ UNESCO giai đoạn 1948 – 1952
|
 |
- John W. Taylor (1906-2001) Hoa Kỳ, Q. TGĐ UNESCO giai đoạn 1952 - 1953
|
 |
- Luther Evans (1902-1981) Hoa Kỳ, TGĐ UNESCO giai đoạn 1953 - 1958
|
 |
- Vittorino Veronese (1910-1986) Italy, TGĐ UNESCO giai đoạn 1958 - 1961
|
 |
- René Maheu (1905-1975) Pháp, TGĐ UNESCO giai đoạn 1962 - 1974 (Q. TGĐ giai đoạn 1959, 1961-1962)
|
 |
- Amadou-Mahtar M'Bow (1921-) Senegal, TGĐ UNESCO giai đoạn 1974 - 1987
|
 |
- Federico Mayor (1934-) Tây Ban Nha, TGĐ UNESCO giai đoạn 1987 - 1999
|
 |
- Koïchiro Matsuura (1937-) Nhật Bản, TGĐ UNESCO từ 1999
|
|
